PCR實驗室的分區(qū)主要基于實驗流程、防止交叉污染、功能明確性、設(shè)備共享性及可擴展性等原則進行劃分，一般可分為以下四個區(qū)域：

1. 試劑貯存和準備區(qū)（或試劑存放區(qū)）：用于擴增試劑的配制、分裝和保存。此區(qū)域應保持微正壓，以防外界含核酸氣溶膠的空氣進入造成污染。

2. 標本制備區(qū)（或樣品處理區(qū)）：用于樣品的接收、登記、處理（如核酸提取、保存和加樣）等工作。此區(qū)域同樣應保持微正壓，并配備生物安全柜等設(shè)備，以確保操作人員的安全。

3. 擴增反應混合物配制和擴增區(qū)（或核酸擴增區(qū)）：是PCR實驗的核心區(qū)域，用于DNA擴增等實驗操作。此區(qū)域應保持微負壓，以防含核酸的氣溶膠擴散出去污染試劑與樣品。

4. 擴增產(chǎn)物分析區(qū)：用于擴增產(chǎn)物的測定、結(jié)果分析、登記及報告等工作。此區(qū)域同樣應保持微負壓，并配備相應的分析儀器和設(shè)備。

為避免交叉污染，進入各個工作區(qū)域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區(qū)到標本制備區(qū)，再到擴增反應混合物配制和擴增區(qū)，最后到擴增產(chǎn)物分析區(qū)。各實驗區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。同時，每個獨立實驗區(qū)應設(shè)置緩沖區(qū)，以減少室內(nèi)外空氣交換和交叉污染的風險。

此外，PCR實驗室的安全分區(qū)也是確保實驗室安全運行的重要措施，包括人員出入控制、設(shè)備安全管理、實驗物料分類管理、清潔消毒管理、廢棄物處理、應急處理、人員培訓、消防設(shè)施、防爆安全、輻射安全以及數(shù)據(jù)安全等方面的要求。