PCR實(shí)驗(yàn)室的分區(qū)主要基于實(shí)驗(yàn)流程、防止交叉污染、功能明確性、設(shè)備共享性及可擴(kuò)展性等原則進(jìn)行劃分，一般可分為以下四個(gè)區(qū)域：

1. 試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)（或試劑存放區(qū)）：用于擴(kuò)增試劑的配制、分裝和保存。此區(qū)域應(yīng)保持微正壓，以防外界含核酸氣溶膠的空氣進(jìn)入造成污染。

2. 標(biāo)本制備區(qū)（或樣品處理區(qū)）：用于樣品的接收、登記、處理（如核酸提取、保存和加樣）等工作。此區(qū)域同樣應(yīng)保持微正壓，并配備生物安全柜等設(shè)備，以確保操作人員的安全。

3. 擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)（或核酸擴(kuò)增區(qū)）：是PCR實(shí)驗(yàn)的核心區(qū)域，用于DNA擴(kuò)增等實(shí)驗(yàn)操作。此區(qū)域應(yīng)保持微負(fù)壓，以防含核酸的氣溶膠擴(kuò)散出去污染試劑與樣品。

4. 擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)：用于擴(kuò)增產(chǎn)物的測定、結(jié)果分析、登記及報(bào)告等工作。此區(qū)域同樣應(yīng)保持微負(fù)壓，并配備相應(yīng)的分析儀器和設(shè)備。

為避免交叉污染，進(jìn)入各個(gè)工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向進(jìn)行，即只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)到標(biāo)本制備區(qū)，再到擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)，最后到擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)。各實(shí)驗(yàn)區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應(yīng)通過傳遞窗進(jìn)行。同時(shí)，每個(gè)獨(dú)立實(shí)驗(yàn)區(qū)應(yīng)設(shè)置緩沖區(qū)，以減少室內(nèi)外空氣交換和交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)。

此外，PCR實(shí)驗(yàn)室的安全分區(qū)也是確保實(shí)驗(yàn)室安全運(yùn)行的重要措施，包括人員出入控制、設(shè)備安全管理、實(shí)驗(yàn)物料分類管理、清潔消毒管理、廢棄物處理、應(yīng)急處理、人員培訓(xùn)、消防設(shè)施、防爆安全、輻射安全以及數(shù)據(jù)安全等方面的要求。